经历过前两季的航行故障、资源枯竭和内部哗变，载着地球最后一批幸存移民的方舟一号，终于熬到距离目标宜居星比邻星b只剩三个月航程的节点。舰长加内特刚带着船员稳住老化的生命维持系统，就意外截收到早十年出发、本该早抵达殖民地的方舟二号的求救信号。 众人登船搜救才发现，二号船早就被一伙游荡在星际航线的流民劫掠占据，对方设下圈套就是为了吞下方舟一号的物资和休眠舱里的三万平民。更棘手的是，船上藏着和地球覆灭前垄断航天资源的财阀勾连的内鬼，偷传布防信息，想私吞宜居星开发权。加内特带着工程师艾娃、医官泰斯等人一边扛住流民轮番进攻，一边排查内鬼、抢修被引力波损毁的动力核心，拼着数名船员牺牲，最终粉碎了内外勾结的阴谋，全船顺利降落在比邻星b的开阔平原上，只是岩壁上发现的陌生石刻，给这场新生蒙上了一层未知阴影。
