《X战警97第二季》接续第一季终局的震荡余波：镭射眼遭反变种人极端组织“净化者”伏击重伤，纳米哨兵毒素侵入神经陷入昏迷，全美强制推行的变种人注册法案将族群逼至夹缝，X战警在暴风女临时统领下艰难撑持局面。团队内忧不断：琴·葛蕾体内蛰伏的凤凰之力受外界刺激频频失控，罗刹女因长期过载吸收他人能力与记忆出现人格解离，金刚狼追查伏击真相时，发现净化者背后的推手是蛰伏已久的惊恶先生——他勾连腐败政客，借注册法案搭建的变种人基因数据库偷取样本，妄图培育绝对服从的变种人军团颠覆秩序，甚至一度拉拢立场摇摆的万磁王。最终X战警搁置内部理念分歧，在基优岛拦下惊恶先生引爆基因畸变弹的阴谋，公开了政客挑动族群对立的证据，却在战斗尾声瞥见新一代主控哨兵悄然上线的阴影，深知变种人与人类的共存抗争远未抵达终点。
